一个现代人穿越到太古时期的数码宝贝世界。见证了数码宝贝如何获得进化的力量，世界树利用Death-X的方舟计划被皇家骑士阻止，人形数码宝贝与兽形数码宝贝之间的仇恨，光明兽的堕落，邪恶数码宝贝的诞生……在一次次危机中，逐渐掌握改变数码宝贝世界的力量。